第十七届全国高性能计算学术年会(CCF HPC China 2021)于10月21日至23日在广东珠海举行。会上,组委会揭晓了第九届“英特尔杯”全国并行应用挑战赛(简称PAC)的比赛结果。来自山东大学、华中科技大学、西安交通大学、北京航空航天大学、中山大学、上海交通大学等单位的多支队伍从几百只参赛队中脱颖而出,入围决赛。最终,山东大学软件学院的两支参赛队伍勇夺该项赛事的金奖和铜奖,软件学院刘卫国教授和青年教师殷泽坤担任参赛队的指导老师。
本届PAC优化组的决赛赛题为空间组学实现测序数据空间定位的优化问题,该算法原理是通过一段25bp的barcode序列(指长度为25的DNA碱基片段)来标记空间位置和测序DNA序列,然后通过barcode序列匹配将测序得到的DNA序列定位回空间原位。但是,由于目前的测序仪测到的DNA序列不是百分百准确,该算法有一套容错方案,这种容错方式的时间复杂度比较高,程序执行效率很低。软件学院“吃饭不长肉”参赛队通过优化IO(指优化读写速度)、更换手写map(映射表)、添加布隆过滤器等方式对程序进行优化,以比第二名节省一半时间的优异成绩斩获金奖,卫冕冠军。参赛队员包括软件学院2021级硕士研究生闫立峰、赵展,2018级本科生宋浩喆、孙伟豪。这是山东大学参赛队继2019、2020年两次获得这一赛事冠军之后又一次夺冠,也是PAC比赛自2013年创办以来历史上第一次有参赛队实现三连冠。软件学院另一支参赛队“喜佳佳”获得全国第4名,该参赛队员包括软件学院2021级硕士研究生王明凯、常启鑫、花梦圆、刘小慧。
PAC比赛由中国计算机学会高性能计算专业委员会指导,英特尔(中国)有限公司联合北京并行科技股份有限公司主办。大赛特邀多名国内知名企业、高水平院校和科研机构的高性能计算领域专家参与评审工作。经过多年的努力与发展,PAC已是我国高性能计算领域最高水平的挑战赛之一,成为推动我国高性能计算应用发展、培养和选拔高校顶尖技术人才、鼓励人才与应用场景深度融合的重要平台。
山东大学学校简介
山东大学前身是1901年创办的山东大学堂,被誉为中国近代高等教育起源性大学。其医学学科起源于1864年,开启近代中国高等医学教育之先河。从诞生起,学校先后历经了山东大学堂、国立青岛大学、国立山东大学、山东大学以及由原山东大学、山东医科大学、山东工业大学三校合并组建的新山东大学等几个历史发展时期。
山东大学学校教学
中国特色社会主义进入新时代以来,学校深刻领会“扎根中国大地办大学”的精神实质,坚持和加强党对学校的全面领导,以追求卓越、只争朝夕的奋进姿态,大力实施“七大战略”,加快实现“由大到强”历史性转变,学校的整体实力和国际影响力明显增强,18个学科的学术影响力和贡献能力进入ESI世界排名前1%,5个学科进入ESI前1‰,金融数学、晶体材料、凝聚态物理、胶体界面化学、微生物、机械、材料学、心脑血管功能修复、新药制造、中国古典哲学等学科均达到国内一流水平,有些方向和领域已处在世界水平,家国情怀、担当精神、崇实品格、创新素养的“山大基因”广受赞誉。
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